Das MAVORS-Institut wird von einem Direktor geleitet, der vom Stiftungsrat der MAVORS-Stiftung gewählt wird. Er ist verantwortlich für die Institutsführung, stellt die Projektteams zusammen, beaufsichtigt alle Institutsprojekte und legt dem Stiftungsrat halbjährlich einen Tätigkeitsbericht vor. Daneben besteht das Institut zur Zeit aus einem Mitarbeiter und einer administrativen Hilfskraft. Regelmässige Unterstützung erhält das Mavors-Institut von seinem Chef-Berater. Die Projekte unterstehen Projektleitern, die die Unterstützung international anerkannter Berater des MAVORS-Instituts geniessen.